تأسس متحف همدان للتاريخ الطبيعي عام 1351 هجری ، بهدف توفير الأهداف العلمية و التعليمية و البحثية لجامعة بوعلي سينا ، بجهود السيد جعفر محمد علي زاده ، و لا يزال هو يديره. تم تصميم هذا المتحف و استكماله بنماذج و معايير دولية ، و هو مهم ليس فقط في إيران ، و لكن أيضًا في الشرق الأوسط و حتى العالم. يقع موقعها في منطقة كلية الزراعة بجامعة بوعلي سينا ، في نهاية شهارباغ آزادغان ، المتفرعة من ساحة مدرس و البنیة التحتیة تبلغ مساحتها حوالي 2000 متر مربع ، و هي مقسمة إلى ثلاث قاعات منفصلة و متصلة على النحو التالي:
القاعة رقم 1 - عُرضت في هذه القاعة النقوش الحجرية المكتشفة من مناطق مختلفة من إيران تم عرضها من قبل مجموعة بحث المتحف و الفخار و الحرف اليدوية البرونزية و العملات المعدنية مما أظهر الفهم الدقيق للإنسان الإيراني و اهتمامه بالطبيعة من حوله. كما تم عرض حوالي 300 مشهد لطبيعة إيران البرية للجمهور.
القاعة رقم 2- هذه القاعة مخصصة لحيوانات المائية و تتكون من قسمين منفصلين:
في الجزء الأول: أكواريوم (حوض سمك) أنواع أسماك الزينة في المياه العذبة في المناطق الاستوائية ، و بعضها محفوظة حاليًا في المتحف بشكل محدود و لأغراض بحثية. كما يتم دراسة إنشاء حوض أسماك المياه المالحة و بناء حوض مائي كبير و تنافسي بأنواع عالمية يحتوي على أنواع مختلفة من الحيوانات المائية.
الجزء الثاني: يشمل الحيوانات المائية الثابتة و في هذا الجزء توجد عينات نادرة و رائعة من جميع أنواع الحيوانات المائية و الزواحف و الثدييات سواء كانت ثابتة في المحلول أو تحنيط الحيوانات.
القاعة رقم 3 في هذه القاعة ، تم جمع مجموعة من عينات الصخور المعدنية و المُسْتَحَاثَات و الصخور الرسوبية المتبقية من فترات جيولوجية مختلفة لإيران على الرغم من أنها مجموعة من عينات إيران المعدنية و الأحفورية ، إلا أنها أغنى مجموعات مماثلة داخل البلاد.
الاكتشافات - يُظهر الاهتمام بالاكتشاف ديناميكية و قيمة المتحف. خلال 28 عامًا من النشاط ، اكتشف متحف التاريخ الطبيعي في همدان بعض العينات لأول مرة في البلاد ، بالطبع ، مما يثبت أنها جديدة في مستوی العالم ضروري يحتاج إلى مزيد من البحث و التحليل. على سبيل المثال ، تم الإبلاغ عن اكتشاف 5 أنواع جديدة من الأسماك في الخليج الفارسي و العديد من الأمثلة من الأحافير لأول مرة بواسطة هذا المتحف. حاليًا ، بالإضافة إلى السياح و الباحثين ، يزور هذا المتحف العديد من مجموعات الطلاب كل عام.