مسجد جامع كبير با مناره هاي با شكوه، ايوان هاي رفيع و گچبري هاي نفيس آن از آثار ممتاز دوره هاي اسلامي به شمار ميرود.قديمي ترين بخش مسجد، بعد از آثار چهار طاقي ساساني كه در زير مقصوره قرار گرفته، طاق هاروني است كه در زمان "هارون الرشيد"در سال ١٩٢ ﮬ.ق ساخته شده. مهم ترين و زيبا ترين بخش این مسجد، مقصوره و گنبد سلجوقي آن است و داراي پنج كتيبه گچبري به خط كوفي است و نفیس‌ترین آن کتیبه‌ای است که در آن سوره بقره به طور کامل اجرا شده و از شاهکارهای خط کوفی تزئینی به شمار می‌آید.
ساير قسمت هاي مسجد، مربوط به دوره هاي بعد تا پايان دوره قاجاريه است. ايوان شمالي و دو مناره كاشيكاري شده آن زمان شاه تهماسب و ايوان غربي آن در دوره شاه سليمان صفوي ساخته شدند. ايوان جنوبي كه زيباترين ايوان مسجد است در زمان سلطنت"شاه عباس دوم"به مدخل مقصوره اضافه شد.