مسجد کبود گنبد یا مسجد جامع بنای مذهبی است که مورد احترام و توجه اقوام مختلف در طول تاریخ شهرستان کلات نادر در استان خراسان رضوی است مسجد کبود گنبد در فاصله حدود 200 متري شرق عمارت خورشيد، قرار دارد .
این مسجد چهار ایوانه، دارای گنبدی دو پوشه و نیلگون، صحن و طاق میباشد و ساقه گنبد استوانهای شکل و فضای زیر گنبد یک هشت ضلعی منظم است و طول هر ضلع آن حدود ۴ متر میباشد. صحن مسجد مستطیل شکل با عرض ۱۹ متر و طول ۲۷ متر است. استفاده از کاشی هفت رنگ، مهمترین عامل تزئین در بنای مسجد کبود گنبد شهرستان کلات نادربوده، که با استفاده از نقوش اسلیمی و گل و بوته در لچکیهای بالای ایوان و رواقها به کار رفتهاست. صاحبنظران معتقدند، در اين مکان ابتدا آرامگاهي متعلق به دوره ايلخاني وجود داشته که ساختار مسجد در دوره هاي بعد از آن تبعيت نموده است. در حال حاضر بناي فوق به منزله شبستاني در کنار ايوان شرقي مسجد قرار دارد.
بنای اصلی مسجد را از کارهای دوره سلجوقی میدانند که نادرشاه افشار نیز به نوبه خود، بیوتات و ایوانهای اطراف آن را ساختهاست. در اطراف پیشخوان مدخل مسجد، کتیبهای سنگی به خط نستعلیق مربوط به دوره قاجارنصب شدهاست که حکایت از تعمیر مسجد در این دوره توسط یلنگ توش خان ابن فتحعلی، حاکم کلات به سال ۱۲۵۰ هجری قمری است.در فضای گنبدخانه، چند سنگ مزار وجود دارد که از آن جمله می توان به سنگ مزار صید خان، پسر فتحعلی خان، مورخ ۱۲۴۶، اشاره کرد قبر دیگر متعلق به گور حمید محمد خان برادر یلنگتوش خان مرمت گر مسجد است.
با توجه به پایین تر بودن سطح مسجد از سطح خیابان های اطراف جدیدا یک دیوار سنگی حائل برای جلوگیری از آب گرفتگی مسجد در جلوی آن اجرا شده است.مسجد کبود گنبد هم اکنون در مرکز شهر کلات قرار دارد.