از تاريخ دقيق احداث اولين ساختمان گمرک اطلاع دقيقي در دست نيست. اما بر اساس نوشته ها و گفته ها در سال 1721 ميلادي، حدود دويست و هشتاد سال قبل، انزلي و غازيان داراي گمركخانه جداگانه بوده اند و طبق مدارك، ابتدا گمرك خانه اي در انزلي و سپس در غازيان احداث گرديد. از آن پس گمرك خانه غازيان را ورودي و گمرك انزلي را خروجي ناميدند.
گمرك خانه سابقه، در كنار مرداب رودخانه شهر بندر انزلي واقع بود. چندين سال است كه گمرك جديد در آن سوي رودخانه غازيان بنا شده و معمار آنرا بيگلربيگي گيلاني، از روسيه به ايران آورده بود. تاريخ احداث ساختمان جديد گمرك انزلي را 1318 ه.ق 1279 ه.ش ذكر كرده اند.
گمركخانه قديم به دليل نداشتن نماي مناسب ف توسط فردي به نام طومانياس- تاجر مسيحي- خريداري شد. با توجه به مشرف بودن به مرداب، شالوده آن برچيده شد و ابتدا سد محكمي در جلوي مرداب بنا گرديد كه بعد از تكميل، سد عمارت جديد احداث و بالاي گمركخانه، مهمانخانه احداث شد. كتيبهاي كه از انبار كوچك زير پلكان بيرون آورده شده، تاريخ بنا را از زمان ناصرالدين شاه عنوان ميكند كه معادل با 1309 ه.ق يا 1271ش است.
اين اثر تاريخي با تلاش گروه مستندسازي سازمان ميراث فرهنگي و گردشگري گيلان 25/9/24/13 در فهرست آثار ملي ايران به ثبت رسيده است.